Por el decreto 037 del 5 de julio 2010 se creó la Escuela de Graduados de la Sede Puerto Montt, enmarcado dentro del plan de desarrollo estratégico 2008-2011 de la Sede Puerto Montt y de la  Universidad Austral de Chile. Su primer director es el Dr. Iker Uriarte Merino, profesor titular del Instituto de Acuicultura.

La Escuela de Graduados de la Sede Puerto Montt, tiene bajo su responsabilidad la dirección, coordinación y administración de los Programas de Postgrado (Magíster y Doctorado) y Postítulos (Diplomados y Especialidades).

Programas de Doctorado

• Doctorado en Ciencias de la Acuicultura

Programas de Magister

• Magister en Nutición
• Magíster en Medio Ambiente y Bioseguridad
• Magister en Psicología Clínica de Adultos

Programas de Postítulos

• Diplomado en Innovación para la Competitividad
• Diplomado en Gestión de Operaciones
• Diplomado en Ingeniería Industrial
• Postítulo en Transtornos de Audición y Lenguaje